به گزارش ذاکرنیوز، در خلال این سال‌ها چندین بار به دیدار آیت‌الله کاشانی رفت و از نزدیک با فدائیان اسلام و سیدمجتبی نواب صفوی آشنا شد. حجت‌السلام علی دوانی در خاطرات خود در این مورد می‌گوید: «شهید مطهری با فدائیان و افکارشان هماهنگ بود، بار‌ها از شهید نواب صفوی شنیدم که با احترام از آقای مطهری یاد می‌کرد و از احوال او جویا می‌شد... و برای او جایگاه ویژه‌ای قائل بود».
استاد مطهری بین سال‌های ۱۳۳۹ تا ۱۳۴۱ به همراه محمدابراهیم آیتی محفل ماهانه‌ای در تهران تشکیل داد که صد‌ها نفر از طبقات گوناگون مردم در آن شرکت می‌کردند. این محفل که «انجمن ماهانه دینی» نام داشت دو سال و نیم ادامه یافت و در آنجا حدود سی سخنرانی توسط عالمان اسلامی حوزه و دانشگاه برگزار شد.
در سال ۱۳۴۱ با فوت مرحوم بروجردی در حوزه علمیه قم، بارقه فعالیت‌های سیاسی در سطح مرجعیت شکل گرفت و استاد از همان ابتدا در صف یاران امام خمینی قرار گرفت. او با ایراد سخنرانی‌های آگاهی‌بخش در راستای این مقاصد به تبیین هویت و ساخت معرفتی این مکتب و مرام جدید کمک کرد، به طوری که پس از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ به همراه هفتاد نفر از علما و وعاظ تهران و شهرستان‌ها دستگیر و به مدت چهل روز زندانی گشت. در سندی که در سازمان اطلاعات و امنیت پهلوی (ساواک) موجود است اتهام ایشان اقدام برضد امنیت داخلی مملکت ذکر شده بود.
